En el inicio de MTG, cuando todo era anarquía, los mazos de más de 1 color surgieron por la necesidad más simple que podía existir: no había suficientes cartas para hacer algo consistente de 1 solo color.
Conforme las ampliaciones iban surgiendo cada X meses y se iba haciendo posible la capacidad ofensiva óptima de un mazo de un solo color (como una WW), los mazos multicolor no desaparecieron, al contrario, cobraron fuerza. Y cuando digo fuerza, es fuerza. Las barajas multicolor eran una realidad (y empezaron a aparecer las cartas multicolor, o doraditas), o incluso de más de 2 o 3 colores.
Así que, ¿por qué si podías hacer 1 solo color (con la ventaja que ello supone), hacías 2 o más? Pues porque a estas alturas estaba más que probada la sinergia entre colores, y como podías potenciar una carta de un color X con otra de color Y, todo era cuestión de equilibrio.